> 戦闘を行う処理のみ、ＳＯＳ３の引数を用いて、SOS3の戦闘プログラムを実行して最終的にＳＯＳ３で使用した引数を同じＳＯＳ２の変数に返して実行を終了するという解釈でよろしいですよね？(当方Perlに詳しくないのでイマイチかも)

まぁ、極端な話をするとそういうことになるね。
Perlもモジュール思想の血統だから、言い過ぎると全てのスクリプトに互換性が……
少し言い過ぎたかｗ

プログラム的には2と3の互換には問題ないでしょう。
ただし、上のレスでも触れてることだけど――

って自分はSOS3は詳しくないのでたとえ話ね。
SOS3は例えば戦闘に際して、仮にSTR（力）、DEX（素早さ）、INT（賢さ）のステータスを使ってるとする。
（ってこれじゃ家のSOSか……
さらに武器には攻撃力以外にも重さ、振りの速さ、射程などがあるとしよう。

これらのSOS2には存在しない要素をどうやってカバーするかっていうのが問題になってくるね。

ま、簡潔に言うと
> しっかりしているところからいいかげんなものを作るのは簡単ですが、その逆は難しいです。
ということですが。

> wikiの方でギルドやパーティのような需要のありそうなシステムを制作されているようですが、戦闘システムはどうにかなりませんか？

ここのオーナー様ががんばっていらっしゃる……気がしますｗ